La dependencia institucional del Centro Transdisciplinario de Estudios Ambientales y Desarrollo Humano Sostenible debe reflejar su carácter y enfoque de la transdisciplina. Por ello, no depende de ninguna Facultad sino que lo hace directamente de la Vicerrectoría Académica de la Universidad en la forma de un Programa Académico.

Este Programa es dirigido actualmente por un equipo ejecutivo integrado por los académicos Teodoro Kausel, Juan Carlos Skewes, Pablo Eisendecher y Pablo Villarroel. Este equipo fue nominado por el Consejo Asesor del Programa y cumple las funciones de dirección ejecutiva mientras se define la orgánica institucional definitiva y se realiza el respectivo llamado a concurso para los cargos que se definan.

El mencionado equipo ejecutivo cuenta con el apoyo del Consejo Asesor del Centro, cuya función es orientar las decisiones estratégicas, así como colaborar en general con el óptimo desarrollo de las tareas del Centro. Este Consejo está integrado actualmente por 10 académicos que fueron nominados para tal efecto por sus respectivas Facultades.

Los académicos de la Universidad Austral que deseen integrarse al Centro pueden hacerlo en calidad de investigadores asociados. Para ello, deberán postular en equipo (de un mínimo de dos investigadores) presentando un de investigación, a nivel de idea, que sea coherente con los objetivos y en enfoque del Centro.

El Consejo Asesor del Centro está compuesto actualmente por los siguientes académicos: