Para cumplir sus diversas tareas, la Prorrectoría se organiza en diferentes Unidades internas a cargo de especialistas en las diversas materias que cada una de estas debe atender, como: Dirección de Desarrollo Estratégico que comprende a su vez a la Unidad de Análisis Institucional, Planificación Estratégica, y Unidad de Autoevaluación y Calidad Institucional; Unidad de Relaciones Internacionales; Unidad de Relaciones Nacionales y Regionales, la Oficina de Representación en Santiago, la Oficina de Sustentabilidad y la Unidad de Género (Decreto Nº 048 de 2024).