La estructura de gobierno de la Universidad Austral de Chile se sustenta en tres niveles de funcionamiento: Cuerpos Colegiados, Administración Central y Unidades Académicas. Esta estructura, dividida en cuanto a sus funciones y atribuciones e interrelacionada en cuanto a las actividades que lleva a cabo, dan sustento y estabilidad necesaria a la Universidad para el cumplimiento de los fines estatutarios y estratégicos que la Universidad se ha propuesto. 

El primer nivel de funcionamiento está compuesto por 3 Cuerpos Colegiados: Consejo Superior Universitario, Directorio y Consejo Académico. Estos cuerpos colegiados recogen la composición universitaria en toda su extensión y en su más amplio sentido: el Directorio representa a la asamblea de socios, personas naturales y jurídicas pertenecientes a la comunidad del sur-austral del país en donde se desarrolla nuestro proyecto universitario; el Consejo Académico, por su parte, representa a la comunidad académica: autoridades superiores, decanos, representantes de los académicos de las tres más altas categorías y representantes de los estudiantes. Por último, el Consejo Superior Universitario reúne la representación que ostenta el Directorio y el Consejo Académico y, además, la representación del personal no académico de la Corporación. En estos Cuerpos Colegiados radican, bajo un supuesto de división y equilibrio de atribuciones, las decisiones corporativas de carácter permanente, tales como la formulación de políticas, reglamentación interna, creación de unidades académicas y, en general, las decisiones de mayor impacto para el desarrollo de la Universidad.

Integran actualmente el Directorio, las siguientes personas:

Ejerce la función de Ministro de Fe y Secretario del Directorio, el Secretario General de la Corporación. Además, participan en el Directorio como invitados permanentes el Rector, el Prorrector y los Vicerrectores.

En un segundo nivel de funcionamiento, se encuentra la Administración Central, encabezada por el Rector como máxima autoridad unipersonal de la Corporación. En este nivel se lleva a cabo la administración y gestión general de la Universidad, así como la ejecución de los acuerdos de los Cuerpos Colegiados. Para el adecuado funcionamiento de este nivel, nuestros Estatutos dotan al Rector de amplias atribuciones en materias de administración y de decisión en el funcionamiento universitario. Además, cuenta con un equipo de Autoridades en distintas áreas y jerarquías: Prorrector, Vicerrectores y Secretario General.